Il gioco si apre con una videochiamata del Professor Kukui al giocatore, che lo aiuta nel creare un Passaporto Allenatore prima che lui e la madre si trasferiscano da Kanto ad Alola. Intanto, all’incirca allo stesso tempo, una giovane ragazza viene vista fuggire da un laboratorio, con un Pokémon non identificato nascosto all’interno della propria borsa. Accerchiata dai dipendenti dell’area e da persone in uniformi di aspetto alieno, il Pokémon, vista la situazione di pericolo, teletrasporta sia lui che la ragazza altrove.

Tre mesi dopo, il giocatore, insieme alla madre e al loro Meowth, si godono la nuova casa sull’Isola di Mele Mele e ricevono la visita del Professor Kukui, che manda il giocatore ad incontrare il Kahuna dell’isola a Lili, in modo da ricevere il proprio primo Pokémon. Raggiunta la cittadina, il Kahuna non si trova e quindi Kukui manda il giocatore al Sentiero Mahalo, nella speranza di ritrovarlo. Ma qui, egli incontra la ragazza fuggita dal laboratorio. Il Pokémon misterioso, chiamato Nebulino, esce dalla borsa e viene accerchiato da uno stormo diSpearow selvatici, lasciando alla ragazza nessun’altra possibilità se non chiedere al giocatore di salvarlo. Siccome lui non ha Pokémon in squadra, la sola cosa che può fare è proteggerlo dagli attacchi dello stormo, facendogli da scudo col suo corpo. Nebulino usa di nuovo il suo potere, mettendo in fuga lo stormo e facendo crollare il ponte sospeso. Ma prima che i due precipitino nelle cascate, Tapu Koko, il Pokémon protettoredell’isola, accorre in loro soccorso, portandoli in salvo. Grata per l’aiuto offerto, la ragazza dona al giocatore una Pietra lucente, apparsa dopo l’incontro con Tapu Koko.

Tornati a Lili, Kukui presenta la ragazza come sua assistente di laboratorio, Lylia, prima che il Kahuna Halafaccia ritorno. Colpito dagli avvenimenti, Hala decide di donare al giocatore un Pokémon a scelta fra: Rowlet,Litten e Popplio. Dopo una breve cerimonia, Kukui affida al giocatore il Pokédex Rotom e lo invita a mostrare alla madre il Pokémon ricevuto. Il nipote di Hala, Hau, appare in città e sfida il giocatore ad una lotta, impiegando il Pokémon debole al Tipo scelto dal giocatore. Dopo la lotta, Hala prende la Pietra lucente e invita il giocatore alla cerimonia in programma per il giorno seguente. Il giorno dopo, Kukui porta il giocatore sulPercorso 1 e gli insegna come catturare Pokémon, per poi mandarlo alla cerimonia di Lili. Poco prima di raggiungere la cittadina, il giocatore incontra una coppia di strani individui dall’aspetto alieno, i quali sembrano preoccupati dall’aura che circonda Lili. Qui, Hala e Kukui gli rivelano che la cerimonia è in onore delPokémon protettore dell’isola e che la sua pietra è stata convertita in un Supercerchio Z. Questo, unito ai Cristalli Z, è in grado di liberare il potenziale nascosto dei Pokémon e che i cristalli possono essere ottenuti solo partecipando al Giro delle isole, in cui il giocatore dovrà viaggiare attraverso le quattro isole di Alola. Il Giro non è semplice, in quanto è composto da una serie di prove di difficoltà crescente. Per poterlo affrontare, è necessaria una preparazione adeguata.

La mattina dopo, il giocatore raggiunge il professore al suo laboratorio e qui assiste ad un fenomeno inquietante: per pochi istanti l’intera regione viene avvolta dall’oscurità. Kukui attribuisce le cause del fenomeno ad un eclissi non annunciata e racconta di come in passato Alola fosse effettivamente precipitata in una fitta oscurità.

La prima prova è tenuta da Liam, Capitano di Mele Mele specializzato nel tipo Normale e residente a Hau’oli. Una volta che il giocatore lo ha raggiunto, appare il Team Skull, i cui membri si rivelano essere una preoccupazione minima da parte di Liam. Dopo una Lotta, Liam decide di sottoporre il giocatore alla sua prova, spiegandogli le regole base. Questa consiste nell’affrontare una serie di Pokémon selvatici e confrontarsi infine con unPokémon dominante. Durante la prova, le reclute del Team Skull causano trambusto e inconsapevolmente aiutano il giocatore nel completare la prova. Sconfitto il Dominante, il giocatore torna da Liam e scopre che Lylia è scomparsa nei pressi del Percorso 3. Qui il giocatore la ritrova, vedendo che Nebulino è di nuovo uscito allo scoperto e che un’altra volta spetta a lui recuperarlo. Vengono raggiunti da Hau e Kukui, il quale, dopo aver saputo che sia Hau che il giocatore hanno completato la loro prima prova, li manda entrambi a confrontarsi con Hala, il Kahuna, per superare la Grande Prova. Dopo aver sconfitto anche Hala, il giocatore riceve un Cristallo Z e viene mandato ad Akala, la seconda isola di Alola. Qui, il giocatore incontra il Kahuna locale: Alyxia, specializzata nel tipo Roccia. Lei lo mette al corrente che su quest’isola dovrà affrontare ben tre Capitani (Suiren, Kawe e Ibis) e altrettante prove. Durante il suo viaggio su Akala, il giocatore affronta nuovamente il Team Skull e incontra dei personaggi chiave, quali: Iridio, un membro negligente del Team Skull in possesso di un Pokémon unico, chiamato Tipo Zero, e Hapi, una vagabonda in viaggio per Alola sul suoMudsdale.

Sconfitto anche il Kahuna, il giocatore e Hau incontrano Vicio, un membro della Fondazione Æther, che invita i due ragazzi all’Æther Paradise. Qui i ragazzi conoscono la direttrice del centro, Samina, e scoprono che la struttura è un gigantesco ecosistema in cui vengono accolti i Pokémon che hanno subito abusi e violenze da parte dei propri allenatori. Nel bel mezzo dell’incontro, appare una creatura misteriosa proveniente da un altro universo: cosa che provoca in Samina un sinistro interesse. La creatura, denominata UC-01, attacca spaventata il giocatore. Dopo una breve lotta, questa fa ritorno nel suo universo e i due ragazzi si dirigono verso Ula Ula, la terza isola di Alola.

Su Ula Ula, il giocatore deve affrontare le prove di due Capitani, Chrys e Malpi. Dopo averle superate, si scopre che il Professor Kukui sta facendo costruire la Lega Pokémon di Alola, in modo da allinearsi alle altre regioni. Ma una brutta notizia occorre subito dopo: alle sorelle di Malpi è stato rubato il proprio Yungoos dal Team Skull. Per recuperare il Pokémon rapito, il giocatore si scontra con Guzman, il capo del Team Skull, e scopre che lui e il suo gruppo si sono impossessati dell’intera Poh, una cittadina alla periferia dell’isola. Raggiunto il luogo, il giocatore incontra Augusto, un agente di polizia che lo indirizza a Villa Losca, la base del Team Skull. Qui, il giocatore ritrova Yungoos e si scontra ancora una volta con Guzman. Augusto riappare subito dopo e rivela al giocatore che il Team Skull tiene in ostaggio Lylia e Nebulino all’Æther Paradise. Nel mezzo della discussione, ricompare Iridio, che chiede al giocatore e ad Hau di unirsi a loro per salvare la situazione. Prima di partire, Augusto rivela loro di essere il Kahuna dell’isola e sottopone il giocatore alla Grande Prova. Dopo averlo sconfitto, il trio riparte alla volta dell’Æther Paradise.

Raggiunta la struttura, gli impiegati iniziano ad attaccare il trio, dopo che vengono incaricati di vietare l’ingresso a chiunque. Lotta dopo lotta, raggiungono Vicio, il quale spiega che c’è qualcosa che non quadra nella Fondazione e, dopo una lotta, indirizza i ragazzi ai piani inferiori della struttura. Qui il trio scopre che è tutta una trappola ideata per guadagnare tempo. Allora i ragazzi, capendo tutto, tornano indietro e scoprono dei retroscena sulle misteriose Ultracreature. Usciti dai piani inferiori, Vicio chiama rinforzi e ingaggia una nuova battaglia coi ragazzi. A quel punto sopraggiunge Ciceria, la quale afferma che Lylia potrebbe essere con la direttrice, ma raggiungerla sarà piuttosto difficile. Dopo aver sconfitto Vicio, il trio ha accesso alla villa di Samina, in cui si confronta di nuovo col Team Skull e Guzman. Mentre Hau tiene impegnate le reclute e Iridio Guzman, il giocatore affronta Samina, salvando Lylia e scoprendo che Nebulino sta venendo sacrificato per aprire un Ultravarco verso la dimensione di Necrozma, in quanto la donna è intenzionata a sottometterlo al proprio volere. Allo stesso tempo si scopre che Lylia e Iridio sono i figli di Samina. Iridio e Lylia cercano di far ragionare la loro madre, mettendo in risalto come lei non sia assolutamente pronta ad un confronto diretto con il Pokémon leggendario, ma Samina non li ascolta e affronta il giocatore. Dopo la lotta, Nebulino rilascia l’energia accumulata e apre l’Ultravarco, con Guzman e Samina pronti a tuffarvisi dentro e a sparire nell’Ultramondo. Lylia controlla lo stato di Nebulino, scoprendo che ha assunto una forma differente.

Il giorno dopo, Iridio dona alla sorella il Flauto Lunare^Us/Flauto Solare^Ul trovato nella villa della madre e aiuta il giocatore a raggiungere l’Isola di Poni, l’isola finale di Alola. Su Poni non ci sono Kahuna e qui i ragazzi incontrano di nuovo Hapi, che porta i ragazzi al Tempio del Passaggio, dove sarà riconosciuta degna di diventare la Kahuna dell’isola da Tapu Fini. Hapi parla loro di Solgaleo^S/Lunala^L, il Pokémon leggendario protettore di Alola, e del procedimento per poterlo evocare per fermare la minaccia delle Ultracreature. L’evocazione è possibile solo suonando i due flauti all’Altare Solare^Us/Altare Lunare^Ul. Il secondo flauto si trova sull’Isola Exeggutor. Recuperatolo, il giocatore e Lylia ritornano a Poni e si avviano verso l’Altare. Prima di attraversare il Canyon di Poni, i due subiscono l’imboscata del Team Skull e di Plumeria, la quale, alla fine, interrompe le lotte e si scusa per le sue azioni, in quanto spera che il protagonista riporti a casa Guzman.

Raggiunto l’Altare, il giocatore e Lylia suonano i flauti, causando lo sprigionarsi di un’incredibile energia che si riversa su Nebulino, facendolo evolvere in Solgaleo^Us/Lunala^Ul. Con l’evoluzione apppena avvenuta, il giocatore e Lylia sono pronti a recarsi nell’Ultramondo, quando un Ultravarco si apre improvvisamente innanzi a loro, da cui fuoriescono proprio Guzman e Samina. La donna, spaventata, ordina ai ragazzi di fuggire ma ormai è troppo tardi, in quanto Necrozma emerge dall’Ultravarco. Il Pokémon attacca subito Nebulino e, dopo una breve battaglia, lo assorbe, trasformandosi così nella sua forma Criniera del Vespro^Us/Ali dell’Aurora^Ul. In possesso di un potere che non controlla a dovere, Necrozma apre decine di Ultravarchi, che causano un’invasione massiccia di Ultracreature su tutta Alola. Nonostante il giocatore riesca a sconfiggere il Pokémon in un’ardua battaglia, questi assorbe tutta la luce della regione e a fuggire in un altro mondo attraverso l’Ultravarco. Alola precipita così in una profonda oscurità.

Vista la situazione disperata, l’Ultrapattuglia giunge all’Altare e viene immediatamente implorata da Samina di rimediare alla situazione. Questi si rifiutano, visti i suoi precedenti, ma decidono di servirsi del giocatore per ripristinare ogni cosa, vista la sua abilità col Supercerchio Z. Donatagli la loro uniforme e messo a disposizione un Lunala^Us/Solgaleo^Ul, l’Ultrapattuglia porta il giocatore nel loro mondo di origine: Ultramegalopoli, luogo in cui Necrozma si è rifugiato. Sulla sommità della Torre Megalopoli, si consuma lo scontro finale col Pokémon leggendario, ora trasformatosi nella sua forma originaria UltraNecrozma, un drago interamente costituito di luce. In seguito alla battaglia, Necrozma perde tutta la luce che aveva accumulato e scompare, mentre Solgaleo^Us/Lunala^Ul emerge da essa e Alola ritorna luminosa come prima. Tornato all’Altare, il giocatore scopre che Lylia e Samina hanno deciso di portare Nebulino all’Æther Paradise, in modo da curarlo e farlo riprendere dall’estenuante situazione cui è stato sottoposto.

Il pericolo di Necrozma è stato scongiurato, ma il giocatore ha ancora una prova da superare se intende concludere il suo Giro delle isole. Questa è tenuta dal Capitano Rika, la quale consiste nello sfidare tutti i precedenti capitani e confrontarsi infine con un Ribombee dominante. Superata anche l’ultima prova, il giocatore raggiunge Hapi all’Isola Exeggutor e viene sottoposto alla sua Grande Prova. Avendo completato il Giro, il giocatore viene informato da Kukui che sul Monte Lanakila è stata completata la costruzione della Lega Pokémon, la quale è accessibile solo a chi ha completato il Giro delle isole, luogo in cui avverrà la sfida finale per essere nominato “Campione del Giro delle isole”.

Mentre attraversa le vie gelate della montagna, il giocatore scopre un gigantesco cratere nel quale si trova un debolissimo Necrozma in cerca di luce. Questi decide di condividere con lui una piccola parte di quella custodita nel suo Supercerchio Z, per poi catturarlo. Ad aver assistito allo scontro c’èAcromio, il quale, dopo essersi congratulato col giocatore per aver dominato il mostro, gli dona una sua creazione per permettergli la fusione controllata con Solgaleo e Lunala.

I Superquattro di Alola si rivelano essere Tapso, Alyxia, Malpi e una precedente Campionessa del Giro delle isole e golfista Kahili. Al termine delle quattro lotte, il giocatore raggiunge il trono del Campione e affronta in una lotta a sorpresa Hau, portatolo li dal Professor Kukui per una sfida. Dopo averlo sconfitto, il giocatore diviene il primo Campione della Lega Pokémon di Alola. Quella sera, a Lili, si tiene una grande cerimonia in onore del giocatore.

Il giorno dopo, Guzman e Plumeria sciolgono ufficialmente il Team Skull, mentre Iridio lascia la regione per allenarsi oltremare. Con sua grande sorpresa, scorge sua madre Samina salutarlo dallo scalo di Hau’oli.